Действие игры происходит вскоре после событий фильма Star Trek: Into Darkness

2259 год...

Прошло уже более двух десятков лет с того момента, как в Галактике объявился путешественник из будущего - ромуланин Нерон и более года с того момента, как уничтожение им планеты Вулкан навсегда изменило баналс сил не только в Федерации, но и в Галактике в целом.
Заговор зловещей "Секции 31" во главе с адмиралом Маркусом, а также Хана Нунье Сингха по разжиганию войны с Клингонской Империей и захвату власти в Федерации был успешно раскрыт и предотвращен. Герои дня - капитан Джеймс Кирк, коммандер Спок и экипаж корабля Федерации "Энтерпрайз" получили полагающиеся им почести и награды. Сам корабль восстановлен на верфях Земли, его экипаж пополнен и вот уже капитан Кирк со своим кораблем отправляются в столь долгожданную ими пятилетнюю исследовательскую миссию.

Экипажу "Энтерпрайза" предстоит отправиться туда, куда не ступала нога человека, посетить новые миры и открыть новые формы жизни, найти новых партнеров и союзников для Федерации, а также, если придется, встретиться лицом к лицу с опасностями космоса и воинственными цивилизациями, готовыми идти войной против народов Федерации Планет.

Да и дома в Федерации, к сожалению, не все так гладко как хотелось бы - Клингонская Империя все еще ведет военные приготовления, да и Секция 31 всего лишь, по их меркам, потерпела временную неудачу и лишилась лидера....